Organami Bydgoskiej Lokalnej Grupy Działania – Dwie Rzeki są:
Zarząd, który kieruje całokształtem działalności Stowarzyszenia zgodnie z uchwałami Walnego Zebrania Członków, reprezentuje Stowarzyszenie na zewnątrz i ponosi odpowiedzialność za swoją pracę przed Walnym Zebraniem Członków.
Rada wybierana przez walne zebranie członków LGD spośród członków tego zebrania. W skład Rady wchodzą przedstawiciele władz publicznych, lokalnych partnerów społecznych i gospodarczych oraz mieszkańców. Do wyłącznej właściwości Rady należy wybór operacji oraz ustalenie kwoty wsparcia. Rada dokonuje oceny wniosków o przyznanie pomocy pod kątem zgodności z Lokalną Strategią Rozwoju oraz kryteriami wyboru określonymi w procedurze wyboru operacji LSR.
Komisja Rewizyjna będące organem sprawującym kontrolę działalności statutowej i finansowej Stowarzyszenia, odrębnym od innych władz Stowarzyszenia i nie podlega im w zakresie wykonywania kontroli. Komisja Rewizyjna liczy od 3 do 5 członków wybranych przez Walne Zebranie Członków, którzy ze swego grona wybierają Przewodniczącego, Wiceprzewodniczącego oraz Sekretarza.
