Organami Bydgoskiej Lokalnej Grupy Działania – Dwie Rzeki są:
Zarząd kieruje całokształtem działalności Stowarzyszenia zgodnie z uchwałami Walnego Zebrania Członków, reprezentuje Stowarzyszenie na zewnątrz i ponosi odpowiedzialność za swoją pracę przed Walnym Zebraniem Członków. W skład Zarządu wchodzą: prezes Zarządu oraz od 2 do 6 członków Zarządu wybranych przez Walne Zebranie Członków.
W skład Zarządu Stowarzyszenia wchodzą:
- Grzegorz Grześkiewicz – Prezes
- Dominika Maria Heller-Kawalerska – Członek Zarządu
- Paweł Biały – Wiceprezes Zarządu
- Przemysław Byś – Wiceprezes Zarządu
- Szymon Ludwik Muszyński – Członek Zarządu
Rada jest wybierana przez walne zebranie członków LGD spośród członków tego zebrania. W skład Rady wchodzą przedstawiciele władz publicznych, lokalnych partnerów społecznych i gospodarczych oraz mieszkańców. Do wyłącznej właściwości Rady należy wybór operacji oraz ustalenie kwoty wsparcia. Rada dokonuje oceny wniosków o przyznanie pomocy pod kątem zgodności z Lokalną Strategią Rozwoju oraz kryteriami wyboru określonymi w procedurze wyboru operacji LSR.
W skład Rady wchodzą:
- Miasto Bydgoszcz
- Pracodawcy Pomorza i Kujaw – Związek Pracodawców
- Agro Klaster Kujawy – Stowarzyszenie na Rzecz Innowacji i Rozwoju
- Anna Rutkowska
- Ewa Joanna Chmara
- Fordoński Klub Sportowy – Wisła Fordon
- Galeria Inspiracji
- Kalemba Robert Dawid
- Kujawsko-Pomorska Organizacja Pracodawców – Lewiatan
- Nowicka Daria
- Paweł Hryncewicz
- Piekut Mikołaj
- Stabińska Agnieszka Dagmara
- Stowarzyszenie na Rzecz Rozwoju Kobiet – Gineka
- Wyższa Szkoła Gospodarki w Bydgoszczy
Komisja rewizyjna
Komisja Rewizyjna jest organem sprawującym kontrolę działalności statutowej i finansowej Stowarzyszenia, odrębnym od innych władz Stowarzyszenia i nie podlega im w zakresie wykonywania kontroli. Komisja Rewizyjna liczy od 3 do 5 członków wybranych przez Walne Zebranie Członków, którzy ze swego grona wybierają Przewodniczącego, Wiceprzewodniczącego oraz Sekretarza.
W skład Komisji Rewizyjnej wchodzą
- Aldona Małgorzata Molesztak
- Anna Leszczyńska
- Joanna Janiszewska