Polskie Towarzystwo Ekonomiczne jest jednym z najstarszych stowarzyszeń społecznych w kraju, wywodzi się z powstałych w XIX wieku regionalnych towarzystw naukowych. Pierwsza zorganizowana forma społeczna ruchu naukowego ekonomistów polskich powstała w 1802 roku i była odpowiedzią na wzrastające zainteresowanie wiedzą ekonomiczną.
W okresie międzywojennym od 1917 roku nastąpił szybki rozwój działalności towarzystw ekonomicznych, skupiających czołowych ekonomistów akademickich.
W 1945 roku powstała organizacja ogólnokrajowa – Polskie Towarzystwo Ekonomiczne zrzeszająca ekonomistów z całego kraju, które od 1956 roku jest członkiem Międzynarodowego Towarzystwa Nauk Ekonomicznych, z siedzibą w Paryżu.
Powstanie i rozwój działalności Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego w Bydgoszczy datuje się od 1954 roku. Z inicjatywy ekonomistów bydgoskich od 1962 roku samodzielną działalność prowadzi Oddział Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego w Bydgoszczy.